Biologi pari manta sangat unik, yaitu memiliki pola reproduksi sangat rendah, jumlah anak yang dihasilkan sedikit, masa untuk mencapai dewasa dan matang kelamin memerlukan waktu yang lama dan hanya satu ekor dalam setiap reproduksinya. Populasi ikan pari manta diperkirakan sekitar 17.000 ekor di seluruh Indonesia.
Memperhatikan karakteristik biologi dan perburuan yang tidak bijaksana oleh nelayan mengakibatkan terus menurunnya populasi pari manta di perairan Indonesia, bahkan dalam kurun 10 tahun terakhir telah kehilangan populasi 33 – 57 %. Penurunan ini terjadi terutama di daerah – daerah dimana pari manta menjadi salah satu target utama perburuan oleh nelayan, seperti di perairan Nusa Tenggara (Lombok, Lamakera, Lamalera, Alor, dan Flores) yang berhasil menangkap sekitar 900 – 1.300 individu dalam setahun.
Mempertimbangkan aspek biologi dan kecenderungan terus menurunnya populasi pari manta secara global, maka ikan yang masuk dalam suku Mobulidae ini telah dikategorikan kedalam ikan terancam akibat perdagangan dan terdaftar dalam Appendiks II CITES pada tahun 2013, sedangkan status kelangkaan berdasarkan IUCN termasuk kategori Rentan (Vulnerable).
Meskipun pari manta penyebarannya sangat luas, tetapi pari manta di wilayah periaran Indonesia mengalami ancaman kepunahan yang cukup serius, Ancaman kepunahan disebabkan antara lain karena : (a) populasi di habitat alam terus mengalami penurunan, (b) penangkapan secara berlebihan masih terus dilakukan baik oleh perburuan khusus maupun oleh tangkapan sampingan nelayan tradisional, (c) jumlah tangkapan melebihi potensi lestari, (d) nilai pasar dari ingsang terus meningkat, sehingga memicu potensi target perburuan baru. Kekhawatiran tersebut telah menyebabkan beberapa negara telah melakukan tindakan perlindungan.
Berdasarkan pertimbangan tersebut, LIPI selaku otoritas keilmuan di Indonesia pada tanggal 10 Januari 2014 telah merekomendasikan pari manta untuk dilindungi secara penuh. Rekomendasi ilmiah LIPI mencakup : (a) larangan penangkapan pada semua ukuran, (b) larangan penangkapan di semua wilayah perairan Indonesia, (c) larangan memperdagangkan ikan pari manta di dalam dan luar negeri, (d) kewajiban melepas pari manta yang tertangkap secara tidak sengaja dalam pengoperasian segala jenis alat tangkap ikan.
Dengan keluarnya rekomendasi ilmiah dari LIPI ini, Kementerian Kelautan dan Perikanan akan segera menindaklanjutinya dengan menyusun Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan tentang Perlindungan Pari Manta. Dan diharapkan Kepmen KP tersebut dapat segera ditetapkan oleh Menteri Kelautan dan Perikanan.
